A Fertőmelléki-dombsor legfontosabb közösségi jelentőségű élőhelyei a pannon cseres-tölgyesek (91M0), a pannon gyertyános-tölgyesek (91G0) és a pannon molyhos tölgyesek (91H0). A dombsor erdei évszázadokig látták el tűzifával Sopront és a környékbeli településeket. A gyakran kíméletlen több évszázados erdőhasználat (pl. erdei legeltetés, rövid vágásfordulók) máig meglátszik az erdőkön. Részben a legeltetésnek köszönhetően alakultak ki a dombsor sztyepprétjei és száraz gyepjei (6190, 6210, 6240, 8210), amelyek ma védett fajok tucatjainak biztosítanak élőhelyet. Az erdők és szegélycserjések mára csaknem kipusztult fokozottan védett orchideája a boldogasszony papucsa (Cypripedium calceolus). A holt fában gazdag tölgyesekben gyakran találkozhatunk a szarvasbogárral (Lucanus cervus), amely Európa több országában csaknem kipusztult. A sztyepprétek érdekes növénye a közösségi jelentőségű leánykökörcsin (Pulsatilla grandis), mely mellett számos, a hazai jogszabályok által védett faj, például a légybangó (Ophrys insectifera), a fekete kökörcsin (Pulsatilla pratensis ssp. nigricans) is előfordul.
A dombsor lábánál, a vízfolyások mentén és az egykori római halastavak helyén értékes láprétek alakultak ki. Az itt található közösségi jelentőségű élőhelyek (3150, 6410, 6430, 6510, 7210, 7230) kiterjedése nagyon kicsi, de Magyarország egyik legértékesebb természetes élőhelyének számítanak. Itt él a hagymaburok kosbor (Liparis loeselii) egyik hazai állománya és csak itt fordul elő Magyarországos a lápi hízóka (Pinguicula vulgaris) és a sápadt ujjaskosbor (Dactylorrhiza ochroleuca). A láprét további közösségi jelentőségű faja a kisfészkű aszat (Cirsium brachycephalum), a lápi szitakötő (Leucorrhinia pectoralis) szintén előfordul itt.